至今，四极质谱仪与其它质谱仪相比较，仍然是应用得广泛LC/ APIMS仪器。单级四极质谱仪的主要优点是相对可靠、优良的性能价格比。适合于定性、定量分析。四极质谱仪主要缺点是得到的是低分辨质谱，只有在测定的成分是纯的且没有化学背景杂质与之重叠时，才有可能测定准确质量。用单级四极质谱仪作定量分析采用选择离子监测( selected ion monito-ring, SIM)。检测限取决于能否将目标化合物与样品中的其它成分(包括背景干扰)加以区别。虽然单级四极质谱仪没有MS/MS功能，但用源内CID具有使离子诱导裂解的“准MS/MS"功能。

    如果需要MS/MS功能以进行化合物结构分析或用选择反应监测(select-ed ion reaction monitoring, SRM)以提高选择性及定量分析检测限，应采用三重串联四极质谱仪( triple quadrupole mass spectrometer, TQMS)。 在TQMS中，也是的形式是四极(MS-1) 用于前体离子选择，RF-only 四极作为CID区，后一级四极(MS-2) 分析产物离子。至今，用LC/ESIMS进行复杂成分的定量分析时，如药物代谢动力学研究。

    TQMS具有多种MS/MS功能，除上述产物离子扫描外，还有前体离子扫描和恒定中性丢失扫描。TQMS的CID是低能过程，能量在10-100eV范围。因为低能CID对操作条件较敏感，故不同的仪器所得的产物离子质谱的.重现性较差。但是，与离子质谱仪所得的产物离子光谱比较，较少发生重排和离子分子反应产生的(假象)。